1951年1月10日生于台北。在眷村中长大，1975年从淡江大学毕业。在大学里他念的是教育资料科技学系，包括许多视听教育课程，以及电视电影常识。退伍之后，因为兴趣而进入中华电视公司第一期电视编导班学习电视剧的编导，但他一心想成为电影导演，出国深造。1979年至1983年，李佑宁担任中国时报驻美国好莱坞特派专栏作者，期间又担任北美事务协调委员会洛杉矶新闻处的雇员，并且兼职制作国内的电视节目。在这样的半工半读之下，先后在洛杉矶哥伦比亚大学、南加州大学等学校攻读硕士学位。

1984年李佑宁回到台湾，在当时刚成立的蒙太奇公司担任编导工作，执导了《杀手挽歌》，接着便陆续为高仕、汤臣、中影、学者等公司导演电影。1986年，李佑宁接下了教职，接着便陆续在大专院校或影视机关单位开课教授电影制作、编剧、美学、企划等等科目。他的组织管理能力越来越被电影圈倚重，先后参与了数届金马奖的执行工作，以及担任中影制片部经理，并且曾任台湾电影影剧协会理事、台湾制片协会理事、台湾电影导演协会常务理事等。