早年为香港电视台写剧本。至英国学电影返港后执导的第一部电影以唐朝末年著名女诗人鱼玄机故事《唐朝豪放女》让他声名大噪、之后执导《郁达夫传奇》、《川岛芳子》等片皆广获好评。娶妻罗卓瑶也是导演。1994年方令正执导《非常侦探》，1995年夫妻俩移民澳洲。近年多以制作人身份参与电影。新作是2009年的《如梦》，由妻子罗卓瑶导演，方令正制片，两人共同编剧。