幕后制作 　　本片编剧兼制作人詹姆斯·范德比尔特从孩提时起就对神秘事件情有独钟，他说：“我知道有朝一日我会创作出一部充满错综纠葛的电影，观众只有等到最后一刻才能大白真相。”菲尼克斯电影公司主席兼CEO迈克·麦达沃伊说：“我被《基地疑云》的剧本深深吸引了，其中充满了希区柯克式的悬念，经由多人讲述的故事因版本各异而互相矛盾，观众会不停猜想事件的真相，而这一切将归结为一个出人意料的结局。”将影片剧本推荐给麦达沃伊的联合监制布拉德·费舍尔说：“一开始你会以为《基地疑云》是一部类似于《西点揭秘》和《义海雄风》的典型军事惊悚片，可影片故事的复杂情节将完全超出你的预期，让你完全陷入惊诧之中，最终你会大彻大悟，因为事实的真相一直就在眼前。” 　　麦达沃伊之所以选定由约翰·麦克蒂尔南执导《基地疑云》，是因为后者擅长用摄影机来讲述故事，尤其适合以不同视角重述事发经过的本片。麦克蒂尔南说：“在这种故事中，摄影机必须积极的关注事件的进展，拍摄手法和角度会根据版本不同而有所改变，所以每次的叙事风格也务必进行相应调整。” 　　早在制片方与麦克蒂尔南接洽期间，约翰·特拉沃塔就已经顺利签约。为扮演缉毒署探员汤姆·哈迪，特拉沃塔在影片开拍的三个月前就开始接受每周6天的严格训练，除了减掉25磅体重之外，他还随同驻守在乔治亚州亨特军用机场的第75游骑兵团1营体验军旅生活和学习军事技能，甚至在拍摄期间，他都不忘继续坚持训练和控制饮食。 　　为打造出巴拿马热带丛林的视觉密度，麦克蒂尔南找来曾参与拍摄《杀戮战警》、《偷天游戏》和《天地大冲撞》的丹尼斯·布拉德福德任艺术指导，两人在直升机上发现了佛罗里达州杰克逊维尔的一座废弃机场，当地的高大橡树为打造热带雨林提供了便利条件。由于树下地形平坦单一，所以剧组找来100名劳力改造出影片所需的崎岖地势。在布拉德福德的监督下，剧组在片场共移植了100棵棕榈树和4、500株小棵植物。 　　在拍摄雨景时，特效协调人康拉德·V·布林克（Conrad V. Brink）充分利用了流经片场的小河，确定水质完全符合安全标准后，布林克率队在树上安放了9个水塔，水塔通过水管与一辆可以每分钟泵水750加仑的卡车相连。为确保片中雨量持久稳定，布林克使用了一台起重机、60英尺长的水管和4个喷头，从而在100英尺高度完成降雨。·为打造出强劲风势，剧组共使用了4台6英尺高的风扇。 ·为帮助罗塞莉·桑切斯练就角色姿势，导演约翰·麦克蒂尔南让桑切斯在腰前挂上50磅重的沙袋，并将自己想象成拉斯维加斯舞女。