1990年，米家山重回峨影厂，靠着在地摊杂志上看到的一篇小说《没有作案人的现场》为灵感，拿着40万元投资，仅用28天拍完了电影《圣保罗医院之谜》，片中大量运用西方电影的惊悚元素，逐渐向现代侦探类型片靠拢，据称影片上映后盈利200万元。影片主要故事场景都发生医院、钟楼、停尸房这类的经典恐怖片场景，而为了追求真实的恐怖效果，剧组甚至真正去了成都华西医院实景拍摄。影片中太平间阁楼中数千个骷髅以及各种人体组织的标本，均是医院真实的标本。据说当时剧组吃饭的旁边就摆着解剖用的尸体，影片中余惠英的扮演者陈玛雅还被送去了真实的疯人院，和精神病患者吃住在一起体验生活，力求演出精神病患者的真实感。为了展现雷电交加的场景，剧组还专门订购了能够快速启动的频闪灯来加强效果。