敦煌研究院对此次电影拍摄给予了全力支持。不仅在剧本阶段就对其中涉及的专业问题提出修改意见，在后期拍摄中也提供了各种拍摄帮助。全片的第一组镜头就在莫高窟最标志性的九层楼前完成。此外，敦煌研究院许多场景也在影片中展现，包括敦煌数字展示中心，莫高窟洞窟实景，“敦煌守护神”常书鸿的办公室、三危山的大漠风光，以及如今不开放的北区石窟等，也都会在影片中一一出现。

樊锦诗和扮演她的茅善玉结下了深厚的忘年之交。担心同是上海人的茅善玉在敦煌吃不惯，樊锦诗因此在开机前特地送了她两瓶酱菜。樊锦诗对剧组说，“不管怎样，现在的条件比起我们那时候，不知道好到哪里去。而常（书鸿）先生和段（文杰）先生那时候，又不知道比我们要艰苦多少。所以你们演的不是一个人，而是一群人。希望能通过电影，让更多人知道几代敦煌人的故事。”[1][1]

电影《敦煌女儿》大部分镜头在敦煌莫高窟及茫茫沙漠戈壁等地实景拍摄，演员和主创团队常常伴着启明星出发，拍到深夜才返回。由于敦煌与塔克拉玛干沙漠相连，电影大量拍摄在沙漠中进行。除了烈日暴晒外，突如其来的数次沙尘暴袭击，打乱了全天的拍摄计划。很多次，摄制组只能紧急停止拍摄，把好不容易花两个多小时架好的繁重设备，迅速扛回山脚下的避风角落。

《敦煌女儿》的拍摄是艰苦的，许多时候，甚至可以用艰难来形容。每换一个场景，几大卡车的设备要在沙漠上靠人工搬运；休息吃饭时，为了躲避风沙，演员和摄制组工作人员不得不绕着集装箱卡车变换方位，快速吃完手中的盒饭。[2][2]

对于戏曲电影来说，舞台表达的电影语言转化，是这两种不同艺术媒介融合的关键。戏曲电影要运用电影的场面调度、镜头剪辑等艺术手段，保留戏曲特有的写意美学风格，充分展现其虚拟化、程式化、节奏化的表演特征，还要突破舞台“三面墙”的视野限制和空间局限，放大表演细节，增强观众情感代入和价值认同。拍摄《敦煌女儿》前，导演滕俊杰已经有过十年的戏曲电影拍摄经验，导演了《霸王别姬》《萧何月下追韩信》《曹操与杨修》《贞观盛世》《捉放曹》等多部戏曲电影，作品获得过多个国内外重要奖项。基于以往几部戏曲电影的拍摄实践，滕俊杰摸索出“实则虚之，虚则实之”的拍摄技巧，坚持“戏曲为本、电影为用”的创作理念，影片风格基本遵循戏曲的表演程式。而《敦煌女儿》则是以更偏重电影手法的方式进行改编，一方面因为影片故事发生在当代，更具有时代性，另一方面也是因为沪剧本身重视现实题材、程式化相对较少。[3][3]